エディタ Atom の再インストールを行いたく、まずアンインストールを行う。

アプリケーションフォルダの Atom を削除
rm -rf ~/.atom
rm /usr/local/bin/atom
rm /usr/local/bin/apm
rm ~/Library/Preferences/com.github.atom.plist
rm -rf ~/Library/Application Support/com.github.atom.ShipIt
rm -rf ~/Library/Application Support/Atom