DiffMerge

http://sourcegear.com/diffmerge/downloads.php
ファイルの比較はもちろんのこと、ディレクトリごとのファイル比較もできます。おすすめ。

DiffFork（$26）

http://www.dotfork.com/difffork/
画面が見やすいのでおすすめです。

TextWrangler（無料）

http://www.barebones.com/products/textwrangler/
メニューから【Search】【Find deferences】を選択すると2つのテキストファイルを選択するメニューが出てきますので 選択するとファイル比較ができます。

JDiff X （書類比較プラグイン for Jedit X）

http://www.artman21.com/jp/jdiff_x/

Jedit X で編集中の２つの書類の差異をわかりやすく対照表示し、編集できるようにする Jedit X Rev.2 用のプラグイン。タイムマシンバックアップとの比較もサポートしています。

SublimeText （$70）

http://www.sublimetext.com
パッケージ「Sublimerge」差分とマージができます
http://www.sublimerge.com

ARAXIS MERGE

http://www.araxis.com/merge/index.ja